ویژگی های perlprimer:

1. محاسبه و براورد امکان تشکیل پرایمر-دایمر
2. بازیابی از توالی ژنومی و یا cDNA از Ensembl
3. قابلیت بلاست پرایمرها از بانک های داده ای همانند ncbi ویا پایگاه های محلی
4. قابلیت ذخیره سازی داده ها با فرمت دلخواه و استفاده از ان
5. راحتی کار با نرم افزار
6. قابل اعتماد بودن نتایج بلاست پرایمر